拱北殿前身創立於清光緒27年(西元1901年)。當時在地善信,感念木柵猴山坑仙公廟(今指南宮)奉祀的「孚佑帝君」,神靈威顯,分火回鄉恭奉取名「北港福善堂」。
五年後,降鸞指點於三秀山現址建廟供奉呂仙祖。光緒32年,「孚佑帝君」飛鸞降筆破土建廟;在北港信徒協力下,終完成乙座木造呂仙祖殿堂,擇吉移奉命名「拱北殿」。本殿屹立於三秀山依山傍水,風景秀麗,堪稱為雙獅戲球之靈山寶地。和指南宮一南一北遙遙相望,譽為大台北盆地的兩大宗教聖地。
拱北殿自創立至今百餘年,期間經歷四次修建。 第四次於民國48年,第三屆董事長周春諒就任,有感寺廟蛀損嚴重,倡議原地重建。經其胞弟周賢柔先生奉獻巨資,乃請託陳己堂、吳水先生設計,蘇勝雄、周天浩先生監工,於民國55年完成今日包括正殿、前殿、兩側廂廡、八仙洞、功德堂及會源塔的莊嚴巍峩拱北殿。
本殿主祀「孚佑帝君」呂仙祖,配祀釋迦摩尼佛及至聖先師孔夫子,為儒釋道三教合一之廟宇。供品齋筵皆為素食,經懺儀式以佛、道為主,殿內不燒金點燭、七爐七欉香(目前已減為五爐五欉香)。重建後的拱北殿,除了有雄偉的寺廟建築之外,殿內更有匠司精湛的薪傳藝術,清靜典雅、樸實無華, 殿外花木扶疏、芳香四溢,為參香賞景及陶冶心性的好所在。